בחט"ב בן-צבי יש שני מסלולי לימוד ייחודים בהם מתקיימים לימודים מוגברים במדעים וטכנולוגיה (כיתת מופ"ת וכיתת עמ"ט). בנוסף, קיימים עוד חמישה מסלולים ייחודים לבית הספר.
כיתת מופ"ת היא כיתה על איזוריות ומתקבלים אליה תלמידים מרחבי העיר. תלמידי הכיתות הייחודיות מתקבלים לאחר מבחני כניסה וראיונות אישיים.
הלימודים במסלול נמשכים לאורך כל שלושת השנים בחטיבה. התלמידים נדרשים למצוינות ערכית ולימודית גבוהה.
